臨沂高新醫院內鏡室擁有新進的PENTAX胃腸鏡各一條，同時擁有奧林巴斯電子胃鏡一條及磁控膠囊內鏡檢查設備一套，設有胃腸鏡檢查室、支氣管鏡檢查室、膠囊內鏡檢查室、內鏡清洗消毒間及幽門螺旋桿菌檢查室，嚴格按照衛生部有關規定和要求進行內鏡檢查幾各種附件的清洗消毒。